レイトン教授のもとへ届いた一通の手紙。 差出人はレイトンの旧友、クラーク・トライトンだった。 クラークの手紙によると、「謎の巨人が現れて、次々に町を破壊している」という。 さらに、手紙には隠されたメッセージが…。
突然押し掛けてきた、助手を名乗る女性・レミとともに、クラークの住む霧の町「ミストハレリ」へと向かったレイトン。 町では謎の巨人による被害の跡が残されていた。
「魔神の笛」が鳴り響くとき、それは現れる…。 ミストハレリに伝わる、謎の「魔神伝説」。
果たして、正体は神か?悪魔か? そして、世界の終りを予言する少年、ルークと出会う…。
解明に向かうレイトンを待ち受ける、さまざまなナゾ。 さらに迫りくる、新たなる闇…。 多くのナゾが絡み合い、浮かび上がる驚愕の真実!